■エピローグ編 ストーリー全ての敵ギャング団を滅ぼすとアンロックされるストーリー。
かつてセインツロウ地区を再開発したアルター社のCEOデインは、次にシヴィントン地区を再開発するため、ギャングの抗争を利用して地価を下げさせ、土地を安く買い占めた後、ギャングを一掃させる計画を企てていた。
街に残るギャングがセインツのみとなり、アルター社が配備している警備部隊「マサコチーム」がセインツメンバーを襲撃する。
マサコチームの死体を調べると、兵器の製造や実験などを行う秘密施設「ピラミッド」の存在が判明する。
アルター社に打撃を与えるため、セインツはピラミッドを襲撃して破壊する。
ピラミッドの襲撃を受け、アルター社の役員会はデインに対し、セインツを対処しなければクビにすると宣告する。
そこでデインは、役員達が参加するボート・パーティの情報をボスに匿名で流す。
ボスはボートを襲撃し、デインの望み通り役員達は全員死亡する。
デインは会長に昇格し、シヴィントン地区の再開発計画を公の場で発表する。
セインツはデインを襲撃するが、アルター社の本社ビルにデインは逃げ込んでしまう。
ボスは戦闘ヘリでビル内に突入し、デインを追い詰める。
命乞いをするデインであったが、ボスはデインに銃を撃ち、デインはビルから転落死する。
ボス達がヘリでビルから脱出してストーリー・エンド。
■ボーナスミッション編 ストーリー前作のラストの真相に関するミッション。
警察署を訪れたボスは、前作でのボート爆発に関する録音テープを発見する。
録音テープから以下の真相が判明する。
・トロイの普段の言動から、彼が警官であることに気付いていたデックス。アルター社からスカウトされた彼は、セインツを離脱する。
・トロイがジュリアスに、セインツを解散させれば釈放するという条件を提示する。
・プレイヤーがセインツ解散に納得するわけがないと考えたジュリアスは、ボートを爆破してプレイヤーの殺害を試みる。
トロイはジュリアスが取った手段を責めるが、自由の身となったジュリアスは去る。
トロイのデスクでデックスの携帯番号を発見し、ボスはデックスに電話する。
デックスはボスをセインツロウ教会に呼び出す。
しかし教会に向かうと、そこにいたのはデックスに呼び出されたジュリアスであった。
かつて自分を殺そうとしたジュリアスに殴りかかるボスだったが、デックスに指示されたマサコチームが現れて2人を襲撃する。
デックスに騙された2人はひとまず手を組み、マサコチームから逃げ切る。
再び昔のように共に戦った2人だったが、ボスはジュリアスに銃を撃つ。
ジュリアスはボスに対し、ボスがセインツ解散に納得するはずが無いから殺そうとしたと告げる。
麻薬取引も行っているセインツは街にとって有害な存在であり、結局はバイスキングのような他ギャングと変わらず、解散させる必要があったというのがジュリアスの主張だった。
ボスはジュリアスの言葉に耳を貸さず、ジュリアスは彼の豹変ぶりに驚く。
かつてジュリアスに命を救われたボスだったが、容赦なく彼に止めを刺す。
■DLCストーリー1「アルター社の秘密を暴け」※PC版と、日本PS3版では未配信。
■登場人物：テラ・パトリック実在のポルノ女優で、実名で登場する。
微生物学の理学士号を持っており、本作では科学者として登場する。
■ストーリーアルター社の元科学者テラが、セインツの前に現れる。
彼女はアルター社の秘密施設ピラミッドで科学者として働いていたが、アルター社が人体実験を行っていることを知った彼女は真実を暴露しようとしており、アルター社を潰すためにボスは彼女に手を貸すことになる。
人体実験された人々を掘り起こし、死体をテレビ局「チャンネル6」に届けるが、アルター社の手が回ったことで、単なるいたずらとして報道されてしまう。
次に2人は、実験で使用している薬品を積んだトラックを奪って届けるが、薬品に関しては報道されなかった。
チャンネル6のリポーターであるジェーン・ヴォルデラマは、より高い視聴率を得るために、テラとの内部告発インタビューを提案する。
インタビューを阻止しようとするマサコチームを撃退し、インタビューが始まるが、ジェーンは最終的にテラが人体実験の首謀者であると報道してしまう。
どうせ真実を話してもアルター社にもみ消されるため、復讐をするなら別の方法を考えるべきであるとジェーンはテラに伝え、テラは言われなくてもそうすると答える（The END）。
・このDLCでは「レッドファクション：ゲリラ」とのコラボが実現。
「レッドファクション：ゲリラ」に登場するEDFの乗り物やアーマーは、エリック・グリフォンの火星採掘プロジェクトの一環として開発されたことが明かされた。
また、アルター社が行っていた人体実験は、火星の鉱山採掘者の肺活量を上げるのが目的であることも判明する（これも「レッドファクション」へのオマージュ）。
■DLCストーリー2「社内紛争」※PC版と、日本PS3版では未配信。
■登場人物：エリック・グリフォンデインの死後、アルター社の新たなCEOとなった人物。
■ストーリーアルター社の新たなCEOエリック・グリフォンがセインツの前に現れる。
彼はアルター社のセキュリティのトップであるデックスと対立し、彼が率いるマサコチームに命を狙われているため、デックスの情報と引き換えに命を守って欲しいという提案を持ちかける。
セインツを襲撃したアルター社を助ける義理は無いが、彼はデインの計画とは無関係らしく、自分を裏切ったデックスを殺すためにボスは手を貸すことになる。
セインツはエリックの護衛に成功し、デックスが核廃棄物をブラックマーケットに横流しすることを企てているとエリックから知らされる。
エリック寄りのアルター社警備員と共に、マサコチームと戦い、デックスの計画を阻止する。
計画を邪魔され、身の危険を感じたデックスはスティルウォーターから飛行機で逃亡する。
デックスが高飛びしたことを知らされ、怒りが収まらないボスは、デックスに関する人々を腹いせにスナイパーで狙撃することを決める。
デックスの美容師までも殺し、ひとまず満足したボスは、アルター社がセインツに手を出さなければ、こちらもアルター社を敵と見なさないとエリックに伝えた。
デックスはどうするか？と尋ねられたボスは、見つけ出して殺すと答えた（The END）。
・デックスと通信していた際、「エリックはお前が思っているような人物ではない」とボスに伝えたデックス。
何か意味深ではあるが特に何事も無く、セインツ3でセインツとアルター社はビジネスパートナーとなる。
・最終ミッションではアルター社の祭りが行われており、UFOやニンジャ軍団なども登場する。
セインツ3のクレイジー路線への予兆ともいえるミッションかもしれない。
